Aumento da dificuldade da cirurgia: A principal desvantagem da laparoscopia de orifício único é o aumento da dificuldade cirúrgica. Na laparoscopia de orifício único, como todos os instrumentos cirúrgicos entram por um único canal, o espaço operacional é estreito, os instrumentos se cruzam, e é fácil que ocorra uma interferência entre eles, fenômeno conhecido como "efeito do pauzinho". Em particular, na laparoscopia de orifício único, a operação de sutura sob microscópio só pode ser realizada com uma mão na maioria das vezes.

Altas exigências para o cirurgião: como os instrumentos cirúrgicos frequentemente estão na mesma linha paralela à lente, na laparoscopia de orifício único a área triangular da cirurgia laparoscópica convencional desaparece, exigindo que o operador reavalie a posição dos instrumentos e a profundidade anatômica, o que reduz a precisão operacional. Além disso, os instrumentos intraoperatórios podem facilmente bloquear a lente. Às vezes, para levar em conta o movimento dos instrumentos, a lente deve fazer concessões adequadas, dificultando a obtenção do melhor campo visual cirúrgico.

Portanto, a laparoscopia de orifício único exige habilidades e proficiência mais elevadas do operador, tornando-a mais difícil e demorada de realizar, o que também limita, em certa medida, a ampla aplicação da laparoscopia de orifício único.